İTTİFAK İLİŞKİLERİ ÇERÇEVESİNDEKİ SORUNLAR
NATO Çerçevesindeki Sorunlar

Türkiye ve Yunanistan arasındaki uyuşmazlıklar sadece bu iki ülke arasındaki diplomatik ilişkiler çerçevesinde değil aynı zamanda bu ülkelerin ittifak ilişkisi içerisinde bulundukları ülke ve uluslararası örgütlenmeler çerçevesinde de gündeme getirilmektedir. Dolayısıyla, bu örgütlenmeler, bir bakıma Türkiye ve Yunanistan arasındaki mücadelenin zemini haline gelmektedirler. Bu bakımdan ele alındığında, Türkiye ve Yunanistan'ın üyelik ilişkileri içerisinde bulundukları Avrupa kökenli örgütler ayrı bir önem taşımaktadır. Bu önem ise bu tür örgütlenmelerde nihai hedefin ülkelerin bütünleşmelerine yönelik olmasındadır.

1952 yılından beri NATO'nun üyeleri olarak Türkiye ve Yunanistan arasında askeri ittifakın yükümlülüklerinin yerine getirilmesi sırasında sorunların çıkması kaçınılmaz olmuştur. Bu durum, özellikle 1974 Kıbrıs Barış Harekatı ve sonrasında gelişen Ege Denizi uyuşmazlıkları ile daha da artmıştır. Özellikle Yunanistan'ın NATO askeri kanadından ayrılması ve 1980 yılında geri dönüşü, bu iki ülke arasında ittifakın güneydoğu kanadında nasıl bir düzenlemenin ve dengenin sağlanması gerektiği sorununu ortaya çıkarmıştır. 1999 yılına değin NATO güneydoğu kanadında yapılacak altyapı yatırımları ve karargah, komutanlık düzenlemeleri iki ülke ve NATO bünyesinde pazarlık konusu olarak görülmüş ve bu ülkelerin çıkarları dengelenmeye çalışılmıştır.

Diğer yandan, Türkiye ve Yunanistan arasındaki uzlaşmazlıklara koşut olarak Yunanistan'ın ittifak içinde olduğu bir başka NATO ülkesini toprak bütünlüğü bakımından "açık tehdit" olarak gördüğünü açıklamış olması ve Ulusal Savunma Doktrini'ni bu tehditi karşılamak yönünde düzenlemiş olması ittifakın temel amaçlarıyla çelişir bir durum ortaya çıkarmıştır. Dolayısıyla, ittifakın işlerliğine gölge düşürmüştür. Bu durumu en iyi yansıtan  gelişmelerden bir başkası ise Balkanlar'da yaşanan Bosna Hersek ve Kosova olayları sırasında NATO'nun üstlenmiş olduğu askeri müdahale görevi sırasında Yunanistan'ın müdahaleye katkıda bulunacak olan Türkiye'ye ve genel olarak da NATO'nun Balkan politikasına karşı çıkması olmuştur.

Türkiye ve Yunanistan arasındaki yakınlaşmaya koşut olarak iki ülke silahlı kuvvetleri arasındaki yakınlaşma ve işbirliği çabaları da belirgin ölçüde artış göstermiştir. Özellikle Mayıs ayı içinde yapılan Dynamic Mix NATO tatbikatları çerçevesinde Türk uçaklarının Yunanistan'ı ziyaretleri ve benzer şekilde Yunan uçaklarının Türkiye'yi ziyaretleri, iki ülke arasındaki yakınlaşma ve işbirliğinin askeri alanda da sürdürülebileceğini göstermiştir.Basında yer alan haberlere göre, "Atina, iki ülke arasında Ege'deki ihtilaf konularını da ele alabilecek Türk - Yunan 'siyasi - askeri' komitesi oluşturma şeklindeki Türk önerisini yoğun tartışmalar sonunda kabul " etmiştir.[160]