Bu bölümde, iki ülke arasındaki sorunlar hakkında tarafların siyasi ve hukuki tezleri ulaşılabildiği oranda yansıtılmakta, sorunların teker teker ayrıntılarına girmek yerine, sorunlara ilişkin izlenen politikaların taşıdığı anlam sergilenmeye çalışılmaktadır. Bunda da asıl amaç, daha sonraki bölümde iki ülke arasındaki ilişkilerin yönelimini etkileyen faktörler incelenmeye çalışılırken, uzlaşmazlık konularının özde ne anlama geldiği konusunda bir fikir verebilmektir.

İkinci bölümde ise, Türkiye ve Yunanistan arasındaki ilişkilerin yönelimini etkileyen faktörler ele alınmaktadır. Bu faktörleri üç noktada toparlamak mümkün; bunlardan ilki ortak tarihi ilgilendirmektedir. Osmanlı toplumsal sistemi içerisinde Türk ve Yunan ulusal kimliğinin oluşum süreci, ulusçuluk mücadelesi, ulusal kurtuluş savaşları ve bağımsızlıkların her iki ülke insanları üzerinde yaratmış olduğu  etki bu alt bölümde ele alınmaktadır. Günümüzde; gerek Türkiye’de gerekse Yunanistan’da hala ulus devlet oluşturma sürecinde önemli aksaklıkların ve duyarlılıkların yaşanmakta oluşu dikkate alınırsa, ulusal kimlik, ulusal sınırlar, toprak bütünlüğü, ulusal güvenlik vb konulardaki duyarlılığın genel dış politika karar alma süreci üzerindeki etkisi  daha kolaylıkla anlaşılabilir. Bu bağlamda; Türk - Yunan uzlaşmazlığı bir yönüyle karşıt iki ulusçuluğun çatışmasını yansıtmaktadır.

İkinci bir etken olarak; gerek siyasi karar alma düzeyinde gerekse kamuoyu ve  kitle iletişim araçları düzeyinde, Türkiye ve Yunanistan’ın birbirleri  hakkındaki algılamaları ele alınmaktadır. Türkiye ve Yunanistan arasında uzun süreli bir güvensizlik, iletişimsizlik ve diyalog eksikliği yaşanmaktadır. Taraflar, birbirlerinin her hareketini kuşku ile karşılamakta; bu durum sonuçta, iki ülke arasındaki uzlaşmazlıkları gidermeye yönelik iyi niyetli çabaları da gölgelemekte ve sonuçsuz bırakmaktadır.

Bu bölümde, Türkiye ve Yunanistan’ın birbirlerinin ulusal kişilikleri ve kendilerine yönelik niyetleri hakkındaki değer yargıları, imaj ve algılamaları belirlenmeye çalışılacaktır. Her iki ülke halkları birbirlerini hangi karakteristik özellikleriyle tanımaktadır? Türklerin Yunanlılar, Yunanlıların Türkler hakkında edindikleri bilgilerin kaynağı nelerdir? Temel eğitim sırasında diğer ülke hakkında ne tür bilgiler okutulmaktadır? Taraflar hangi davranışlara bakarak diğerini kendi ulusal güvenliği, çıkarları ve toprak bütünlüğü bakımından potansiyel bir tehdit kaynağı olarak görmektedir? İki ülke arasında gerginliğe yol açan ve ilişkilerin normalleştirilmesini engelleyen olumsuz algılamalar ya da yanlış algılamalar nelerdir? Kamuoyu ve basın iki ülke arasındaki ilişkilere nasıl bakmakta ve bu durum dış politika karar alma sürecine ne ölçüde yansımaktadır ? Bu bölümde bu ve benzeri sorulara yanıtlar aranacaktır.

Üçüncü bir etken; anlaşmazlığın iç politika kaygılarından ne yönde etkilendiğidir. Zaman zaman taraflar birbirlerini gerginliğin sorumlusu olarak görmekte ve bu durumda da diğerini iç politikada karşılaşmış olduğu sorunlardan kamuoyunun dikkatlerini çekmek için gerginliği yapay olarak tırmandırmakla suçlamaktadır. Ya da; özellikle seçimler sırasında iktidar/muhalefet arasındaki mücadelede, iki ülke arasındaki ilişkilerde izlenen tutum ve davranışların oya dönüştürülmek istendiği ileri sürülmekte ve karar alıcının oy kaygısı ile davrandığı; dolayısıyla, iki ülke arasındaki sorunların çözümünde gerekli serbestiye sahip olmadığı dile getirilmektedir. Bir başka açıdan; siyasi iktidar ve ordu arasındaki ilişkilerin de iki ülke arasındaki  uzlaşmazlıkların kolaylıkla giderilmesini engellediği ileri sürülmektedir. Hükümet ve ordu arasındaki dayanışma ve işbirliğinin yanı sıra, orduya olan güvenin sarsıldığı dönemlerde, iki ülke arasındaki uzlaşmazlığın, hükümet/ordu/kamuoyu arasındaki dayanışma ve bütünlüğü sağlama amacıyla gündemde tutulduğu ileri sürülmektedir. Dolayısıyla, bu savlar çerçevesinde iki ülke arasındaki ilişkilerin nasıl etkilendiği gözlemlenmeye çalışılacaktır.

Bu bağlamda; Türkiye ve Yunanistan’da siyasi iktidarların, muhalefet ve basının, ilişkilerde yaşanan sorunlara yaklaşımları saptanmaya çalışılacak ve uzlaşmazlığın bu ülkelerin iç/dış politik kaygılarındaki etkileşimi  dile getirilecektir.

Bu araştırma sırasında, iki ülke arasındaki ilişkilerin nasıl bir yapısal özellik gösterdiği saptanmaya çalışılacaktır. Uyuşmazlıkların giderilebilmesi için gösterilecek çabaların başarılı sonuçlar verebilmesi için gereken koşulların neler olduğu, tarafların hangi konularda duyarlı oldukları saptanmaya çalışılacaktır. Diğer bir deyişle; iki ülke arasındaki ilişkilerde karşılıklı güven, barış ve işbirliğinin yeniden kurulabilmesi için gereken temel koşulların neler olduğu belirlenmeye çalışılacaktır.

Bu çerçevede; iki ülke arasındaki ilişkiler konusunda gerçekçi bir çözümlemeye gidebilmek için şunu anlamakta yarar vardır; günümüzde iki ülke arasındaki ilişkilerde yaşanan uyuşmazlığın çözümlenmesini engelleyen temel eksiklik, tarafların birbirlerine olan güveni kaybetmiş olmaları ve karşı tarafı yanlış algılamakta oluşudur. Gerçekte iki ülke arasında yaşanan pek çok  sorun uluslararası siyasal sistem içerisinde diğer pek çok ülke arasında da yaşanmaktadır. Özellikle Ege Denizi’ne ilişkin sorunlar bu çerçeve içerisinde ele alınabilecek türdendir. Ege Denizi’nin jeostratejik/coğrafik yapısı ve bu bölgede Türk - Yunan sınırlarının dağılımı dikkate alındığında, uluslararası hukukun devletlerin egemenlik haklarına getirmiş olduğu genişletici her yeni hükmün Türkiye ve Yunanistan arasındaki statükoyu yeniden gözden geçirmeyi gerektirmesini doğal karşılamak gerek. Dolayısıyla; Türkiye ve Yunanistan’ın sorunları çözümlemek için yapacakları görüşmelerden önce aralarında diyalog ve güven ortamını oluşturmaları bir zorunluluktur. İki ülke arasında barışın, dostluk ve işbirliğinin sağlanabilmesi  büyük ölçüde buna bağlı gözükmektedir. Barış, dostluk ve güvene dayalı ilişkilerin kalıcı olması ise her iki ülke halkının bu yaklaşımı benimsemiş olmasına bağlıdır.

İki ülke arasında yaşanan pek çok soruna karşın 1999-2000 sürecinde başlatılan ılımlı diyalog çabaları her iki ülke halklarının desteğini almış bulunmakta, dolayısıyla hükümetlerin diyalog sürecinde hareket serbestileri arttırmış bulunmaktadır. Ulusal alanda kamuoyları, muhalefet ve hükümetlerin diyalog sürecini desteklemelerinin yanı sıra uluslararası alanda da bu diyaloğu kolaylaştıracak bir ortamın varlığı söz konusudur. Gerek AB gerekse ABD iki ülke arasındaki sorunların çözüm yolunun açılmasını bölge istikrarının korunması bakımından olumlu karşılamaktadırlar. Dolayısıyla, iki ülke arasındaki hükümranlık haklarını ilgilendiren temel sorunların görüşüleceği aşamaya henüz geçilememiş olmasına karşın işbirliğinin yaygınlaştırılacağı ve olumsuz algılamaların etkisinin azaltılacağı bir sürecin bu yolu açacağı düşünülebilir.